Až do začátku 20. století neměli kbelští katolíci žádnou svatyni. Lidé chodili do kostela do Vinoře nebo do Čakovic.

Již za doby před rokem 1918 byly zhotoveny architektem Jaroslavem Čermákem plány na stavbu kostela, který měl stát podél dnešní Mladoboleslavské ulice před vlakovým přejezdem do Vinoře. Záměr, který měli františkáni, se však neuskutečnil.

V roce 1932 byl prodán v dražbě dům - stodola čp. 42 - v nynější Železnobrodské ulici, který koupila „Družina sv. Kláry“, ve které byla adaptací zřízena kaple. Kapli sv. Alžběty dne 28. října 1932 vysvětil velmistr řádu Křížovníků Dr. Josef Vlasák. Za hlavním oltářem byl umístěn kříž z 18. století, který kbelským darovali františkáni z kostela Panny Marie Sněžné v Praze 1.

Kbely měly stále jen kapli. Až po mnoha letech, se staly Kbely samostatnou farností a 27. ledna 1997 vyhlášeny kvazifarností svěřenou do správy P. Antonínu Klaretu Dabrowskému. A tak mohla být v roce 2001 zahájena v sousedství kaple stavba nového kostela. Ideový projekt a výzdoba kostela a vitráží zachycující atributy sv. Alžběty je záležitostí architekta a sochaře pana Bernarda ď Ambrose. Realizační projekt připravil Ing. Jan Korenčík.  Kostel má podobu bochníku chleba, z něhož část byla odkrojena, což symbolizuje dobročinnost sv. Alžběty Durinské. Po dostavbě kostela se zbourala v roce 2004 původní kaple, která do té doby stále sloužila svému účelu. Kříž z kaple si vzali zpět františkáni a je umístěn v jejich klášteře u kostela Panny Marie Sněžné a zvon z kaple je na zahradě poutního místa františkánů v Hájku u Červeného Újezdu.

Nový moderní kostel ve Kbelích je zasvěcen sv. Alžbětě Durinské, spadá pod Římskokatolickou farnost a dne 13. června 2004 jej vysvětil kardinál Miloslav Vlk.